PCR扩增检测实验室正常情况下分成四个独立的工作中区域：试剂存储和提前准备区、标本采集制取区、扩增反映化合物配置和扩增区、扩增物质剖析区。为防止交叉式污染，进到每个工作中区域务必严苛遵照单一方位开展，即只有从试剂存储和提前准备区→标本采集制取区→扩增反映化合物配置和扩增区→扩增物质剖析区。
实验室中央空调排风系统设计方案及工作压力操纵
PCR实验室并沒有严苛的净化处理规定，可是为防止每个实验区域间交叉式污染的概率，宜选用全送全排的自然通风方式。与此同时，要严控送、排风系统的占比以确保各实验区的工作压力规定。

该实验区关键开展的实际操作为存储试剂的制取、试剂的散装和主反映溶液的制取。试剂和用以试品制做的原材料应立即运输至该区域，不可历经别的区域。试剂原料务必存储在本区内，并在本区内制取成所需的存储试剂。
对与气旋工作压力的操纵，本区并沒有严苛的规定。　

该区域关键开展的实际操作为样版的储存、核苷酸(RNA、DNA)获取、存储以及添加至扩增反映管和测量DNA的生成。
本区的渗透压力规定为：相对性于相邻区域为正压力，以防止从相邻区进到本区的大气气溶胶污染。此外，因为在加样实际操作中很有可能会产生大气气溶胶而致的污染，因此应防止在本区内多余的行走。

该区域关键开展的实际操作为DNA扩增。除此之外，已制取的DNA模版 (来源于样版制取区)的添加和主反映溶液(来源于试剂存储和制取区)制取成反映溶液等也可在本区内开展。
本区的渗透压力规定为：相对性于相邻区域为负压力，以防止大气气溶胶从本区露出。为防止大气气溶胶而致的污染，应尽量避免在本区内的多余的行走。某些实际操作如加样等应在超净工作台内开展。

该区域关键开展的实际操作为扩增精彩片段的测量。
本区是最关键的扩增物质污染来源于，因而对本区的渗透压力的规定为：相对性于相邻区域为负压力，以防止扩增物质从本区蔓延至其他区域。

污染的防止与操纵
PCR实验室设计方案的关键难题是怎样防止污染。在具体工作上，普遍的有下列几类污染种类：扩增物质的污染；纯天然基因DNA的污染；试剂的污染及其标本采集间的污染。因为一旦产生污染，实验就务必终止，直至寻找污染源截止，并且实验結果务必废止，需再次开展实验。因此产生污染后再紧紧围绕实验室来找寻污染源不仅用时并且繁杂，消耗财力物力。因而要防止污染，最先该是防止，而不是清除。